牙周疾病的预防主要是以自我口腔保健为主，即每天进行有效地刷牙。有效地刷牙可以清除黏附在牙齿表面的牙菌斑，而起到清洁牙齿、预防牙周疾病的作用。
刷牙时要使用保健牙刷。保健牙刷的特点是刷头小、刷毛软、有弹性、刷毛末端经过磨圆、毛束稀疏适当。其优点是使用灵活，可到达所有牙齿的所有牙面，刷毛可以进入牙龈沟和牙间隙，而且适用于戴义齿（假牙）、戴矫治器以及牙本质过敏的人。幼儿要选用幼儿牙刷，小学生选用小学生牙刷。
牙线可以有效地清除邻面的牙菌斑。在牙间隙大的情况下，可使用牙间刷或牙签。
洁治是口腔专业人员用洁治器清除牙石和牙菌斑的一种预防牙周疾病的有效方法，建议每半年或一年洁治一次。
定期进行口腔检查是早期防治牙周疾病的有效措施，可一年或半年到医院检查一次。
总的预防牙周疾病的原则是一生中要不断地、彻底地、有效地清除牙菌斑。